Nous vous accompagnons dans toutes les étapes de vos projets scientifiques en génomique fonctionnelle à haut débit : étude de faisabilité, accompagnement pour vos demandes de financement, conseils de design expérimental, prise en charge des échantillons, formation et utilisation des équipements accessibles sur réservation.
La plateforme est équipée d’un séquenceur haut débit NextSeq 2000 (Illumina).
Pour les applications ci-dessous, nous préparons et séquençons vos librairies en effectuant des contrôles qualité à chaque étape.
Nous pouvons également séquencer vos propres librairies dans la mesure où elles sont compatibles avec la technologie Illumina.
La plateforme ne réalise pas l’extraction des acides nucléiques ==> Consultez ci-dessous les préconisations pour la préparation et le contrôle qualité de vos échantillons selon les applications.
Les extractions d’ADN et d’ARN à partir de tissus humains peuvent être réalisées par le CRB InnovaBIO ==>
Pour les expériences de Single Nuclei RNAseq, InnovaSEQ vous propose l’isolation et la purification de noyaux individuels à partir de tissus congelés ou inclus en paraffine.
Vous avez un projet nécessitant une autre application, nous sommes à votre écoute, n’hésitez pas à nous contacter ==> Contactez nous
RNAseq
L’extraction des ARN ainsi que leur contrôle quantificatif et qualitatif ne sont pas assurés par la plateforme. Afin d’obtenir des ARN de bonne qualité nous vous recommandons d’utiliser des protocoles d’extraction sur colonnes avec membrane de silice ou billes magnétiques (Qiagen, Macherey Nagel …) et pas de Trizol ni phénol-chloroforme.
La qualité des ARN doit impérativement être validée par une électrophorèse haute résolution (Bioanalyzer, Tapestation, Labchip GX). Le RIN (RNA Integrity Number) doit être supérieur ou égal à 7.
Toutefois, il existe des kits spécifiques permettant la préparation de librairies à partir d’ARN dégradés issus de tissus FFPE.
Les protocoles de préparation de librairies dépendent de la quantité d’ARN total disponible ainsi que du type d’ARN à étudier ==> Contactez nous pour planifier vos expériences.
Options de séquençage du NextSeq 2000 (Nouvelle Chimie XLEAP-SBS)
Chaque flow cell peut être utilisée pour séquencer en single read (SR) ou paired-end (PE).
Par exemple une flow cell P2 100bp permet de séquencer 100bp en SR ou 2 x 50bp en PE.
Nos équipements de tri cellulaire (GentleMacs, Tyto, MacsQuant16) sont accessibles pour la préparation de vos échantillons → Réserver ou Nous contacter
Single Cell/Single nuclei RNAseq
La plateforme est équipée d’un Chromium iX compatible avec l’ensemble des applications Single Cell proposées par 10X Genomics : Gene expression Flex, Gene Expression, Immune Profiling, Multiome, ATAC ==> Pour plus d’informations visitez le site 10X Genomics
Nous réalisons la préparation des librairies, le séquençage et l’analyse primaire des données avec CellRanger.
La préparation et fixation des suspensions cellulaires est assurée par le porteur de projet.
La préparation et fixation des suspensions de noyaux peut être réalisée par la plateforme.
La qualité de la suspension cellulaire/noyaux est déterminante pour le succès du projet ScRNAseq/SnRNAseq.
La présence de débris et de cellules mortes impacte le taux d’encapsulation, le taux de viabilité cellulaire doit être supérieur à 70% ==> Consultez les recommandations pour la préparation de cellules (Sample-Prep-Cells) ou de noyaux (Sample-Prep-Nuclei)
Le nombre de cellules en entrée dépend du nombre de cellules que vous souhaitez analyser, le taux d’encapsulation moyen est de 40-60%.
Nos équipements de tri cellulaire (GentleMacs, Tyto, MacsQuant16) sont accessibles pour la préparation de vos échantillons et leur contrôle qualité ==> Réserver ou Nous contacter
Contactez nous pour planifier vos expériences.
La plateforme propose également de réaliser vos expériences de Single Cell/Nuclei Whole Transcriptome, Immune Profiling et screening CRISPR avec la technologie Evercode de Parse Biosciences basée sur le split-pool combinatorial barcoding.
Nous réalisons la préparation des librairies, le séquençage et l’analyse primaire des données avec ParseBiosciences-Pipeline.
La préparation et fixation des suspensions cellulaires est assurée par le porteur de projet.
La préparation et fixation des suspensions de noyaux peut être réalisée par la plateforme.
La qualité de la suspension cellulaire/noyaux est déterminante pour le succès du projet ScRNAseq/SnRNAseq.
La présence de débris et de cellules mortes impacte le barre-coding, le taux de viabilité cellulaire doit être supérieur à 70% ==> Consultez les recommandations pour la préparation de cellules ou de noyaux (Evercode Fixation)
Nos équipements de tri cellulaire (GentleMacs, Tyto, MacsQuant16) sont accessibles pour la préparation de vos échantillons et leur contrôle qualité ==> Réserver ou Nous contacter
Contactez nous pour planifier vos expériences.
Librairies prêtes à séquencer
Contactez nous pour planifier le run et l’envoi de vos échantillons.
Les contrôles Qualité seront effectués à réception et les librairies purifiées en cas de besoin
Informations à nous transmettre pour le séquençage :
- Kit utilisé pour la préparation des librairies
- Concentration et taille des librairies
- Noms des échantillons et index utilisés
- Paramètres de séquençage souhaités (SR, PE, longueur des reads, profondeur de séquençage, % PhiX…)
Options de séquençage du NextSeq 2000 (Nouvelle Chimie XLEAP-SBS)
Chaque flow cell peut être utilisée pour séquencer en single read (SR) ou paired-end (PE).
Par exemple une flow cell P2 100bp permet de séquencer 100bp en SR ou 2 x 50bp en PE.
Spatial Transcriptomics
